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這些研究通常依賴於骨骼和牙齒的 DNA，它們可以存儲 DNA 並保護其免受環境污染。但是這種骨骼遺骸極其稀少，使得人類歷史的大部分無法進行遺傳分析。
為填補這些空白，來自馬克斯·普朗克進化人類學研究所的研究人員采用瞭用於富集和分析來自沉積物的人類核DNA的新方法，這些沉積物幾乎在每個考古現場都十分豐富。
迄今為止，僅從考古沉積物中回收瞭線粒體DNA，但這對於研究種群關系具有有限的價值。沉積物的核DNA分析的出現為研究人類的過去提供瞭新的機會。不過從沉積物中提取古代人類DNA時，科學傢必須小心，避免從其他哺乳動物（如熊和鬣狗）中提取大量DNA。
這項研究的第一作者本傑明·韋諾特（Benjamin Vernot）說：“例如，人類基因組中有很多地方與熊的DNA 非常相似”。研究人員專門針對基因組區域，他們有信心僅分離出人類 DNA，他們還設計瞭一些方法來衡量如何成功去除非人類 DNA。
科學傢運用他們的技術研究瞭三個洞穴的 150 多個沉積物樣本。在其中兩個-西伯利亞南部阿爾泰山的 Chagyrskaya 和 Denisova 洞穴-先前的研究分析瞭骨骼的 DNA。因此，作者能夠將沉積物中的DNA與骨骼中的DNA進行比較。
該研究的資深作者 Matthias Meyer 表示：“我們開發的技術是非常新穎的，我們希望能夠在我們知道會發生什麼的地方對其進行測試。”研究人員發現，沉積物中的 DNA 與從這些部位的骨頭中獲得的基因組關系最密切，這使他們對方法的可靠性充滿信心。
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