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SARS-CoV-2是導致COVID-19大流行的病毒。SARS-CoV-2的一個關鍵特征是其刺突糖蛋白它從其表面延伸出來，使其能夠瞄準並感染人類細胞。廣泛的研究已經產生瞭詳細的刺突糖蛋白靜態模型，但這些模型並沒有捕捉到刺突糖蛋白本身的靈活性，也沒有捕捉到保護性聚糖（糖分子鏈）的運動。
為瞭支持疫苗的開發，Sikora及其同事旨在確定刺突糖蛋白表面的新的潛在靶點。為此，他們開發瞭分子動力學模擬，以捕捉刺突糖蛋白的完整結構及其在現實環境中的運動。
這些模擬表明，刺突糖蛋白上的聚糖起到瞭動態屏蔽的作用，幫助病毒逃避人類免疫系統。類似於汽車擋風玻璃雨刷，聚糖通過來回翻動幾乎覆蓋瞭整個刺突糖蛋白表面，盡管在任何特定的瞬間它們的覆蓋面都是最小的。
通過將動態刺突糖蛋白模擬與生物信息學分析相結合，研究人員在刺突糖蛋白表面發現瞭受到聚糖“盾”保護最少的點。檢測到的一些點在以前的研究中已經被發現，但有些是新的。在隨後的實驗室實驗中，許多新穎位點的脆弱性被其他研究小組證實。
"我們正處於SARS-CoV-2新變種出現所驅動的大流行階段，突變特別集中在刺突糖蛋白中，"Sikora說。"我們的方法可以支持疫苗和治療性抗體的設計，特別是當既定方法陷入困境時。"
為這項研究開發的方法也可以應用於識別其他病毒蛋白的潛在脆弱性。
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