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這一研究成果以《基於33個水稻遺傳多樣性材料的泛基因組分析揭示“隱藏”的基因組變異》為題，於北京時間28日深夜由國際著名學術期刊《細胞》(Cell)在線發表。
四川農業大學和中科院團隊選取瞭具有高度代表性的33個水稻材料，采用最新的第三代基因測序技術，對其中31份材料進行瞭長片段測序、高質量基因組組裝及基因註釋。結合已報道的日本晴和蜀恢498兩個材料的參考基因組，經過系統的比較分析，共鑒定到171072個基因結構性變異和22549個基因拷貝數變異。
這些基因組變異無法利用傳統手段鑒定到，絕大多數在先前研究中均未被發現，但在重要農藝性狀調控中發揮重要作用。如著名優質稻品種“越光”中一個早熟位點(qDTH7-3)，很可能就是由OsMADS18基因在“越光”產生兩個拷貝，導致基因表達量升高從而表現早熟表型。
此次研究過程中，中國科研人員還首次構建瞭水稻圖形基因組，是水稻中迄今最為完整的基於圖形結構的泛基因組。為瞭方便廣大研究人員使用相關數據，他們還搭建瞭網站，便於使用基因組序列和查詢遺傳變異等內容，促進水稻功能基因組學和育種應用研究。
李仕貴表示，此研究打開瞭結構變異研究的大門，將有助於加速水稻功能基因組學和分子設計育種研究，為選育高產優質、綠色安全水稻新品種提供基礎支撐。接下來團隊將把研究成果運用到應用基礎研究和育種工作中，力爭培育出更多產量高、品質好、抗性強的水稻品種。
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